液相色譜系統(tǒng)的許多問題都能在譜圖上反映出來。其中有一些問題可以通過改變?cè)O(shè)備參數(shù)得到解決；而其他的問題必須通過修改操作程序來解決。對(duì)于色譜柱和流動(dòng)相的正確選擇是得到好的色譜圖的關(guān)鍵。
A、 峰拖尾
1、篩板阻塞
        a、反沖色譜柱 b、更換進(jìn)口篩板 c、更換色譜柱
2、色譜柱塌陷   
        a、填充色譜柱
3、干擾峰
        a、使用更長(zhǎng)的色譜柱 b、改變流動(dòng)相或更換色譜柱
4、流動(dòng)相PH選擇錯(cuò)誤
a、調(diào)整PH值。對(duì)于堿性化合物，低PH值更有利于得到對(duì)稱峰
5、樣品與填料表面的溶化點(diǎn)發(fā)生反應(yīng)
     a、加入離子對(duì)試劑或堿性揮發(fā)性修飾劑 b、更改色譜柱
B、 峰前延可能的原因
在大峰前，有小峰流出
柱死體積
樣品溶劑不適當(dāng)
過濾片部分堵塞
柱過載
 1、柱溫低
      a、升高柱溫
 2、樣品溶劑選擇不恰當(dāng)
      a、使用流動(dòng)相作為樣品溶劑
 3、樣品過載
      a、降低樣品含量
 4、色譜柱損壞
     a、見A1、A2
C、 峰分叉
  1、 保護(hù)柱或分析柱污染【柱中有死體積】
     a、取下保護(hù)柱再進(jìn)行分析。如果必要更換保護(hù)柱。如果分析柱阻塞，拆下來清洗。如果問題仍然存在，   可能是柱子被強(qiáng)保留物質(zhì)污染，運(yùn)用適當(dāng)?shù)脑偕胧?。如果問題仍然存在，入口可能被阻塞，更換篩板或更換色譜柱。
2、樣品溶劑不溶于流動(dòng)相
      a、改變樣品溶劑。如果可能采取流動(dòng)相作為樣品溶劑。
D、 峰變形
   1、樣品過載
      a、減少樣品載量
E、 早出的峰變形
   1、樣品溶劑選擇不恰當(dāng)
    a、減少進(jìn)樣體積 b、運(yùn)用低極性樣品溶劑
F、 早出的峰拖尾程度大于晚出的峰
  1、柱外效應(yīng)
     a、調(diào)整系統(tǒng)連接（使用更短、內(nèi)徑更小的管路） b、使用小體積的流通池
G、 K’增加時(shí)，脫尾更嚴(yán)重
    1、二級(jí)保留效應(yīng)，反相模式
         a、加入三乙胺（或堿性樣品） b、加入乙酸（或酸性樣品） c、加入鹽或緩沖劑（或離子化樣品）
         d、更換一支柱子
     2、二級(jí)保留效應(yīng)，正相模式
         a、加入三乙胺（或堿性樣品） b、加入乙酸（或酸性樣品） c、加入水（或多官能團(tuán)化合物）
         d、試用另一種方法
     3、二級(jí)保留效應(yīng)，離子對(duì)
         a、加入三乙胺（或堿性樣品）
H、 酸性或堿性化合物的峰拖尾
     1、緩沖不合適
         a、使用濃度50-100mM的緩沖液  b、使用Pka等于流動(dòng)相PH值的緩沖液
I、 額外的峰
    1、樣品中有其他組份
    2、前一次進(jìn)樣的洗脫峰
          a、增加運(yùn)行時(shí)間或梯度斜率 b、提高流速
    3、空位或鬼峰
a、檢查流動(dòng)相是否純凈 b、使用流動(dòng)相作為樣品溶劑 c、減少進(jìn)樣體積
J、 保留時(shí)間波動(dòng)
  1、溫控不當(dāng)
     a、調(diào)好柱溫
  2、流動(dòng)相組分變化
    a、防止變化（蒸發(fā)、反應(yīng)等）
  3、色譜柱沒有平衡
    a、在每一次運(yùn)行之前給予足夠的時(shí)間平衡色譜柱
K、 保留時(shí)間不斷變化
 1、流速變化
    a、重新設(shè)定流速
 2、泵中有氣泡
    a、從泵中除去氣泡
 3、流動(dòng)相選擇不恰當(dāng)
    a、更換合適的流動(dòng)相 b、選擇合適的混合流動(dòng)相
L、 基線漂移
   1、柱溫波動(dòng)。（即使是很小的溫度變化都會(huì)引起基線的波動(dòng)。通常影響示差檢測(cè)器、電導(dǎo)檢測(cè)器、較低靈敏度的紫外檢測(cè)器或其它光電類檢測(cè)器。）
      a、控制好柱子和流動(dòng)相的溫度，在檢測(cè)器之前使用熱交換器
   2、流動(dòng)相不均勻。（流動(dòng)相條件變化引起的基線漂移大于溫度導(dǎo)致的漂移。）
      a、使用HPLC級(jí)的溶劑，高純度的鹽和添加劑。流動(dòng)相在使用前進(jìn)行脫氣，使用中使用氦氣。
   3、流通池被污染或有氣體
       a、用甲醇或其他強(qiáng)極性溶劑沖洗流通池。如有需要，可以用1N的硝酸。（不要用鹽酸）
   4、檢測(cè)器出口阻塞。（高壓造成流通池窗口破裂，產(chǎn)生噪音基線）
       a、取出阻塞物或更換管子。參考檢測(cè)器手冊(cè)更換流通池窗。
   5、流動(dòng)相配比不當(dāng)或流速變化
       a、更改配比或流速。為避免這個(gè)問題可定期檢查流動(dòng)相組成及流速。
   6、柱平衡慢，特別是流動(dòng)相發(fā)生變化時(shí)
       a、用中等強(qiáng)度的溶劑進(jìn)行沖洗，更改流動(dòng)相時(shí)，在分析前用10-20倍體積的新流動(dòng)相對(duì)柱子進(jìn)行沖洗。
   7、流動(dòng)相污染、變質(zhì)或由低品質(zhì)溶劑配成
        a、檢查流動(dòng)相的組成。使用高品質(zhì)的化學(xué)試劑及HPLC級(jí)的溶劑
   8、樣品中有強(qiáng)保留的物質(zhì)（高K’值）以饅頭峰樣被洗脫出，從而表現(xiàn)出一個(gè)逐步升高的基線。
        a、使用保護(hù)柱，如有必要，在進(jìn)樣之間或在分析過程中，定期用強(qiáng)溶劑沖洗柱子。
   9、使用循環(huán)溶劑，但檢測(cè)器未調(diào)整。
       a、重新設(shè)定基線。當(dāng)檢測(cè)器動(dòng)力學(xué)范圍發(fā)生變化時(shí)，使用新的流動(dòng)相。
   10、檢測(cè)器沒有設(shè)定在zui大吸收波長(zhǎng)處。
        a、將波長(zhǎng)調(diào)整至zui大吸收波長(zhǎng)處
M、 基線噪音（規(guī)則的）
   1、在流動(dòng)相、檢測(cè)器或泵中有空氣
         a、流動(dòng)相脫氣。沖洗系統(tǒng)以除去檢測(cè)器或泵中的空氣。
   2、漏液
        a、見第三部分。檢查管路接頭是否松動(dòng)，泵是否漏液，是否有鹽析出和不正常的噪音。如有必要，更換泵密封。
   3、流動(dòng)相混合不*
       a、用手搖動(dòng)使混合均勻或使用低粘度的溶劑
   4、溫度影響（柱溫過高，檢測(cè)器未加熱）
       a、減少差異或加上熱交換器
   5、在同一條線上有其他電子設(shè)備
       a、斷開LC、檢測(cè)器和記錄儀，檢查干擾是否來自于外部，加以更正。
   6、泵振動(dòng)
       a、在系統(tǒng)中加入脈沖阻尼器
N、 基線噪音（不規(guī)則的） 
  1、 漏液
      a、見第三部分。檢查接頭是否松動(dòng)，泵是否漏液，是否有鹽析出和不正常的噪音。如有必要，更換密封。檢查流通池是否漏液。
  2、流動(dòng)相污染、變質(zhì)或由低質(zhì)溶劑配成
      a、檢查流動(dòng)相的組成。
  3、流動(dòng)相各溶劑不相溶
      a、選擇互溶的流動(dòng)相
  4、檢測(cè)器/記錄儀電子元件的問題
      a、斷開檢測(cè)器和記錄儀的電源，檢查并更正。
  5、系統(tǒng)內(nèi)有氣泡
      a、用強(qiáng)極性溶液清洗系統(tǒng)
  6、檢測(cè)器內(nèi)有氣泡
      a、清洗檢測(cè)器，在檢測(cè)器后面安裝背景壓力調(diào)節(jié)器
  7、流通池污染（即使是極少的污染物也會(huì)產(chǎn)生噪音。）
      a、用1N的硝酸（不能用磷酸）清洗流通池
  8、檢測(cè)器燈能量不足
      a、更換燈
  9、色譜柱填料流失或阻塞
      a、更換色譜柱
  10、流動(dòng)相混合不均勻或混合器工作不正常
      a、維修或更換混合器，在流動(dòng)相不走梯度時(shí)，建議不使用泵的混合裝置
O、 寬峰
  1、流動(dòng)相組成變化
     a、重新制備新的流動(dòng)相
  2、流動(dòng)相流速太低
     a、調(diào)節(jié)流速
  3、漏液（特別是在柱子和檢測(cè)器之間）
     a、見section 3。檢查接頭是否松動(dòng)、泵是否漏液、是否有鹽析出以及不正常的噪音。如果必要更換密封。
  4、檢測(cè)器設(shè)定不正確
     a、調(diào)整設(shè)定
  5、柱外效應(yīng)影響
     a、柱子過載 b、檢測(cè)器對(duì)反應(yīng)時(shí)間或池體積響應(yīng)過大 c、柱子與檢測(cè)器之間的管路太長(zhǎng)或管路內(nèi)徑太大 d、記錄儀響應(yīng)時(shí)間太長(zhǎng)
     a、 小體積進(jìn)樣（例如：10ul而不是100ul）以1：10或1：100的比例稀釋樣品 b、減少響應(yīng)時(shí)間或使用更小的流通池 c、 使用內(nèi)徑為0.007-0.01的短管路 d、減少響應(yīng)時(shí)間
  6、緩沖液濃度太低
     a、增加濃度
  7、保護(hù)柱污染或失效
     a、更換保護(hù)柱
  8、色譜柱污染或失效，塔板數(shù)較低
     a、更換同樣類型的色譜柱。如果新柱子可以提供對(duì)稱的色譜峰，則用強(qiáng)溶劑沖洗舊柱子。
  9、柱入口塌陷
     a、打開柱入口，填補(bǔ)塌陷或更換柱子
  10、呈現(xiàn)兩個(gè)或多個(gè)未被*分離的物質(zhì)的峰
     a、選擇其它類型的色譜柱以改善分離效果
  11、柱溫過低
     a、提高柱溫。除非特殊情況，溫度不宜超過75℃
  12、檢測(cè)器時(shí)間常數(shù)太大
     a、使用較小的時(shí)間常數(shù)
P、 分離度降低
   1、流動(dòng)相污染或變質(zhì)（引起保留時(shí)間變化）
       a、重新配置流動(dòng)相
   2、保護(hù)柱或分析柱阻塞
       a、去掉保護(hù)柱進(jìn)行分析。如果必要?jiǎng)t更換保護(hù)柱。如果分析柱阻塞，可進(jìn)行反沖。如果問題仍然存在色譜柱可能被強(qiáng)保留的污染物損壞，建議使用恰當(dāng)?shù)脑偕绦?。如果問題仍然存在，進(jìn)口可能阻塞了，更換入口處的篩板或更換色譜柱。
Q、 所有的峰面積都太小
   1、檢測(cè)器衰減設(shè)定過高
       a、減少衰減的設(shè)定
   2、檢測(cè)器時(shí)間常數(shù)設(shè)定太大
      a、設(shè)定較小的時(shí)間常數(shù)
  3、進(jìn)樣量太少
     a、增大進(jìn)樣量
 R、 所有的峰面積都太大
  1、檢測(cè)器衰減設(shè)定過低
     a、采取較大的衰減
  2、進(jìn)樣過多
     a、減少進(jìn)樣量
  3、記錄儀連接不正確
     a、正確連接記錄儀
S、液相色譜HPLC保留時(shí)間漂移的故障排除
保留時(shí)間不重現(xiàn)有兩種不同的情況：即保留時(shí)間漂移和保留時(shí)間波動(dòng)。前者是指保留時(shí)間僅沿單方向發(fā)生變化，而后者指保留時(shí)間無固定規(guī)律的波動(dòng)。將此兩種情況區(qū)分開來對(duì)找到問題的原因往往很有幫助。如，保留時(shí)間的漂移往往由柱老化引起；而柱老化不可能引起保留時(shí)間的無規(guī)律波動(dòng)。事實(shí)上，保留時(shí)間漂移的多半原因是不同機(jī)理的色譜柱老化，如固定相流失（例如通過水解），色譜柱污染（由樣品或流動(dòng)相所致）等。保留時(shí)間漂移的幾種zui常見的原因如下:
1：色譜柱平衡
    如果我們觀察到保留時(shí)間漂移，首先應(yīng)考慮色譜柱是否已用流動(dòng)相*平衡。通常平衡需要10-20個(gè)柱體積的流動(dòng)相，但如果在流動(dòng)相中加入少量添加劑（如離子對(duì)試劑）則需要相當(dāng)長(zhǎng)的時(shí)間來平衡色譜柱。
    流動(dòng)相污染也可能是原因之一。溶于流動(dòng)相中的少量污染物可能慢慢富集到色譜柱上，從而造成保留時(shí)間的漂移。應(yīng)注意：水是很容易污染的流動(dòng)相成分。
2：固定相穩(wěn)定性
    固定相的穩(wěn)定性都是有限的，即使在推薦的PH范圍內(nèi)使用，固定相也會(huì)慢慢水解。例如，硅膠基質(zhì)在pH4時(shí)水解穩(wěn)定性。水解速度與流動(dòng)相類型和配體有關(guān)。雙官能團(tuán)配體和三官能團(tuán)配體比單官能團(tuán)配體的鍵合相要穩(wěn)定；長(zhǎng)鏈鍵合相比短鏈鍵合相穩(wěn)定；烷基鍵合相比氰基鍵合相穩(wěn)定的多。
    經(jīng)常清洗色譜柱亦會(huì)加速色譜柱固定相的水解。其他硅膠基質(zhì)鍵合相在水溶液環(huán)境中也可以發(fā)生水解，如氨基鍵合相等。
3：色譜柱污染
    保留時(shí)間漂移的另一個(gè)常見原因是色譜柱污染。HPLC色譜柱是非常有效的吸附性過濾器，它可以過濾并吸附流動(dòng)相攜帶的任何物質(zhì)。污染源可以是：流動(dòng)相本身，流動(dòng)相容器，連接管、泵、進(jìn)樣器和儀器密封墊，以及樣品等。通常通過實(shí)驗(yàn)可判斷污染的來源。
樣品中如果存在色譜柱上保留很強(qiáng)的組分，就可能是使保留時(shí)間漂移的潛在根源。這些根源通常是樣品基質(zhì)。如：配藥中的賦形劑，生化樣品（如血清）中的蛋白及類脂類化合物，食品樣品中的淀粉，環(huán)境水樣中的腐殖酸等。通常樣品中的強(qiáng)保留組分具有較高的分子量，在此情況下，保留時(shí)間漂移的同時(shí)或其后會(huì)有反壓的增加?？梢酝ㄟ^使用固相提?。⊿PE）等樣品前處理方法來去除樣品基質(zhì)的影響。
    避免色譜柱污染zui簡(jiǎn)單的方法是防患于未然。相比之下，找到問題的所在并設(shè)計(jì)有效的清洗步驟以去除污染物要困難的多。通常使用在給定色譜條件下的強(qiáng)溶劑，但并非所有污染物都可以在流動(dòng)相中溶解。如THF可去除反相色譜柱中的許多污染物，但蛋白在THF中就不能溶解。DMSO常常用于去除反相色譜柱中的蛋白。
    使用保護(hù)柱是個(gè)非常有效的方法。反沖色譜柱僅是不得已時(shí)采用的辦法。
4：流動(dòng)相組成
    流動(dòng)相組成的緩慢變化也是保留時(shí)間漂移的常見原因。如流動(dòng)相中易揮發(fā)組分的揮發(fā)及循環(huán)使用流動(dòng)相等。
5：疏水坍塌
    當(dāng)小孔徑、端基封口良好的反相填料色譜柱使用接近100%的水為流動(dòng)相時(shí)，有時(shí)會(huì)發(fā)生分離突然喪失及被分析物質(zhì)保留明顯降低或*不保留的現(xiàn)象，這就是疏水坍塌。此現(xiàn)象是由流動(dòng)相不浸潤固定相表面而致。挽救的辦法實(shí)現(xiàn)用含大量有機(jī)組分的流動(dòng)相浸潤固定相，再用高水含量的流動(dòng)相進(jìn)行平衡。由是色譜柱長(zhǎng)期儲(chǔ)存也會(huì)發(fā)生此現(xiàn)象。使用內(nèi)嵌極性基團(tuán)的反相色譜柱或非端基封口的色譜柱也可避免發(fā)生坍塌。